Debido a las diferencias entre las propiedades intrínsecas de estos productos y a las interacciones entre los distintos componentes del mismo producto alimenticio, sólo cabe hacer generalizaciones en materia de mecanismos de deterioro, peligros de intoxicación alimentaria, tiempos de conservación factibles y mezclas de gases. Los fabricantes alimentarios que estudien la posibilidad de aplicar EAP a tales productos deberán efectuar rigurosas evaluaciones del tiempo de conservación para establecer los mecanismos de deterioro y la mezcla óptima de gases.

Los principales mecanismos de deterioro que es probable que afecten a los productos combinados son el desarrollo microbiano, la rancidez por oxidación y endurecimiento. Se recomiendan mezclas de gases CO₂/N₂ para inhibir eficazmente el deterioro por actividad microbiana y el desarrollo de la rancidez. De este modo, se consigue prolongar considerablemente el tiempo de conservación. La migración de humedad del relleno a la masa provoca una pérdida de esponjosidad y una disminución de aceptación del consumidor. Se recomienda usar rellenos secados previamente, que ayudarán a frenar, además, la transferencia de sabores.

Se debe tener presente que muchos productos combinados son productos cocinados o contienen ingredientes previamente procesados. Consecuentemente, los peligros de intoxicación alimentaria asociados a este tipo de productos se deben principalmente a contaminación postcocción y/o postenvasado. Estos peligros se pueden minimizar mediante una cocción adecuada, el mantenimiento de las temperaturas de refrigeración recomendadas y prácticas correctas de higiene y manipulación.